ああ、これは防ぐのが難しそうです。。。
偽の更新通知が出回る 感染のおそれも NHKニュース
ある日、いつも使っているサイトで、ソフトを最新版に更新しましょう！というメッセージが出たら、思わず進めてしまいそうですね。
↑の例は、ニコニコ動画の広告欄を経由して、Flashの更新を促すメッセージが表示され、それをクリックすると、本物そっくりの偽サイト（フィッシングサイト）が表示され、ダウンロードするとウイルスに感染する、というかなり手の込んだ方法です。
対策としては、ブラウザ上に更新を促すメッセージが出ても信頼せず、自分でFlashの公式ダウンロードサイトへアクセスして、ダウンロードが必要かを判断すると良いと思います。